自來水的污染與危害：自來水二次污染造成了集中式供水出廠水、末梢水及二次供水衛生狀況不合格。究其原因主要有：無衛生許可證擅自供水。2007年全國飲用水衛生監督檢查結果顯示，地級以上城市市區23.4%的自建水廠、城市學校32.1%的自備供水未取得衛生許可擅自供水；自備供水設施普遍簡陋，地級以上城市市區31%的自建水廠、城市學校38%的自供水沒有消毒設施；二次供水管理不善，42.7%的二次供水新改擴建項目未經衛生部門審查、驗收，管理嚴重缺位。
- 輸配管網對水質的污染
從自來水廠出來的水，雖然經過各種處理，但仍有微生物再繁殖，重新繁殖的微生物常年在輸配管道中，形成了生物膜，膜的老化與脫落引起水的臭味、色度的增加。此外，這些微生物漸漸對消毒劑產生了抵抗力，不易被殺滅，更增加了終端自來水微生物數量。
- 中間水箱的二次污染
據統計，上海全市的中間水箱有7萬個，廣州市有中間水箱1.1萬多個，其他城市數量也不少。由于長期暴露，密封不嚴，管理不善，這些水箱里的細菌、病毒、原生動物和藻類的繁殖污染了水質。廣州每年都有家庭自來水中發現紅蟲的報道，就是中間水箱引起的。另外，在個別中間水箱中的腐爛動物的尸體會增加水體的惡臭和酸腥味a
可怕的水污染物包括動物尸體、清潔劑、殺蟲劑、農藥、酸雨、工業廢物滲漏、石化產品滲漏和動物排泄物等進入河水、湖水及地下水，污染了水源，再進入自來水廠，超過水廠負荷，分三種情況：其一在自來水廠加入氯消毒劑及鋁沉淀劑，對水進
行消毒和沉淀后，進入輸配管網，這時會發生管線污染，微生物、鐵銹污染；其二,再加上儲水箱的綠藻、壁虎、螳螂、紅蟲等，一起進入中間水箱；其三，與其他污染
疊加一起，輸至每家每戶水龍頭，形成不潔凈的飲用水被人們飲用。
- 水龍頭及其附近水管的污染
一般情況下，夜晚不使用自來水時，將水龍頭關閉，到明晨使用時再打開。經過一夜停止不用的水龍頭及附近水管中的自來水是靜止的，水中的殘留微生物會大量繁殖，其中可能就有軍團菌。1976年，美國一群退伍軍人在費城一家旅館中舉行年會。會后一個月，與會者中221人得了一種“怪病”，34人相繼死亡。研究證實，其元兇是存在于水龍頭和水槽水樣中的一種致病微生物——軍團菌。醫學界后來把這種病命名為“軍團病”，患病者若不及時治療，病死率可高達25%?30%。
最近20多年來，軍團病在許多國家暴發、流行，已經引起了醫學界的廣泛重視。此外，經過一夜停止流動的水，會與自來水管金屬、管壁及水龍頭金屬腔室產生水化反應，形成金屬污染水，這就是早晨第一次放水時往往會見到一些反常現象，如水色發黃、發白或者發渾的原因。另外，飲用水的水源大都為地表水，受洗滌劑等有機物污染較大。一些有機化合物和加入水中的消毒劑——氯氣反應生成鹵怪化合物如三氯甲烷，這類物質有潛在的致癌性。早晨，打開水龍頭，放出的水中有上述安全隱患相對來說比較大。這種水含有對人體有害的物質，不宜飲用，也不宜用來刷牙、漱口，可先放出一臉盆左右的水，方可接水使用。