當水源被物理和微生物污染時，可采用以下方法進行水處理，應急飲用水百科：
1?粗濾
將水通過一塊干凈的棉布、紗布倒入容器中，可除去相當數量的懸浮物、泥沙等。要注意一定要用干凈的棉布、紗布。有水中寄生蟲流行的地區（如血吸蟲疫區等）應用纖維網、絲網效果更好。
- 通氣
向水中持續通入空氣，增加水中的氧含量，可將水中揮發性物質如硫化氫、甲烷等除去，改善口感。減少水中二氧化碳的含量，溶解在水里的礦物質鐵、鎂等氧化形成沉淀而被除去。
- 水的存放和沉淀
水在安全的條件下存放一天后，水中的微生物會有超過50%死亡。存放和沉淀至少48小時，懸浮的粒子和一些病菌會沉到容器底部。用于存水的容器要有蓋，防止水的再次污染。水要從容器頂部倒出來，容器頂部的水更干凈。
- 過濾
被污染的水流過多孔的介質（如砂子），類似于天然土壤的凈化過程。簡單砂濾可去除水中沉淀物，但不能有效去除水中的病菌，經這樣過濾后的水必須消毒或存放48小時后使用。木炭過濾器可以除去一些異味、臭味和顏色。陶瓷過濾器可去除水中的懸浮顆粒物，過濾后的水必須燒開或用其他消毒方法消毒后才能飲用。有些陶瓷濾芯用載銀活性炭來作為消毒劑以殺死細菌，這樣可以不要過濾后燒開的步驟。
5?消毒
消毒應是水處理的最后一個步驟，它是保證飲用水中沒有有害生物和病原體的處理過程。燒開水消毒可以有效消滅各種病原體，水應至少保持燒滾5分鐘。氯消毒可以殺死所有病毒和細菌，但有些原生動物、寄生蟲會有抵抗力。必須加足夠量的氯才能消滅所有的微生物，但又不能加得太多以致影響水的味道。化學藥劑必須與水中的病原體有充分的接觸時間（氯消毒至少要30分鐘）。陽光消毒通常用于抑制和殺滅水中的病原體。在透明的塑料容器中加滿水并將其完全暴露于太陽光下5小時（或連續兩個完整的100%的多云天氣下），就會產生綜合了輻射和熱處理的消毒效果。如果水溫至少達到了50七，1小時就足夠了。陽光消毒對清水是有效的。