在《生活飲用水衛生標準》（GB5750-2006）中規定的微生物指標包括總大腸菌群、耐熱大腸菌群、大腸埃希菌、菌落總數、賈第鞭毛蟲和隱葩子蟲6個指標。
微生物檢測標準：水體中的菌落總數可以指示出飲用水中的微生物污染狀況，可以判定自來水廠出水的凈化消毒效果。菌落總數增多則說明水體已被污染，但是不能說明污染來源和該水體傳播傳染病的風險程度。因此，必須結合總大腸菌群來判斷水質污染的來源和安全舷。
（1）總大腸菌群指在37七培養24小時和48小時后，能發酵乳糖并產酸產氣的革蘭氏陰性無芽砲桿菌，是評價飲用水衛生質量的重要微生物指標之一。一般地說，總大腸菌群能夠指示腸道傳染病菌存在的可能性，但它不是專一的指示菌。總大腸菌群包括能夠在水中存活和生長的微生物，可以用作評價水處理的效果，輸配水系統的清潔度、完整性和生物膜存在與否的指示菌。我國《生活飲用水衛生標準＞（GB5749-1985）中規定水中總大腸菌群不得超過3個/升。現行飲用水衛生標準中規定每100毫升飲水水樣中大腸菌群不得檢出。
（2）耐熱大腸菌群中的主要優勢菌為埃希大腸桿菌，可作為糞便污染的指標。現行飲用水衛生標準中規定每100毫升飲水水樣中耐熱大腸菌群不得檢出。
（3）大腸埃希菌是糞便污染最有意義的指示菌，已被世界上許多組織、國家和地區使用，若水樣檢出大腸埃希菌，說明水質可能受到嚴重污染，應采取相應措施。現行飲用水衛生標準中規定每100毫升飲水水樣中大腸埃希菌不得檢出。
（4）賈第鞭毛蟲和隱砲子蟲是一類寄生于人和動物體內的腸道原蟲，它們的抱囊和卵囊在受生活污水污染的地表水、處理不良的自來水中均可檢出。它們可引起人的消化道感染，癥狀與腹瀉相似。現行飲用水衛生標準中關于水質非常規指標的規定指出賈第鞭毛蟲和隱砲子蟲數量各不得超過1個/10升。
（5）菌落總數是評價水質清潔度和考核凈化效果的指標。菌落總數增多說明水受到微生物污染但不能確定污染來源以及污染程度，必須結合其他微生物指標來進行判斷。我國的《生活飲用水衛生標準》、2001年的《生活飲用水衛生規范》、現行飲用水衛生標準中規定每1毫升飲水水樣中菌落總數不得超過WO個。