美國流行病學會雜志曾經有篇論文指出咖啡的負面影響，長期喝咖啡會增加致死率。這份研究是以近3萬名某基督教教派的信徒為對象，追蹤時間長達21年，其結論是，每天喝3杯或3杯以上咖啡的人，死亡率較完全不喝咖啡者高出1.26倍。另一份在荷蘭的研究也支持這種說法，3000多名公務員及其眷屬經追蹤調查25年后，每天喝5杯或5杯以上咖啡的人，死亡率較完全不喝咖啡者高出1.65倍，由此可見，咖啡喝得越兇，死亡率越高。
雖然上述研究無法指出咖啡為何會提高致死率，但一般都相信咖啡的刺激會對人體某些部分產生不良影響，以下就逐一進行說明。
- 對腦部的影響
咖啡雖然具有種種神奇的功效，但這些功效卻很容易讓人產生依賴性，尤其是在提神、抗憂郁的作用上。人體的適應力很快，經常喝咖啡，刺激效果會減弱，有些人
為了維持同樣的效果，不知不覺就會逐漸增加飲用量，成為“酗咖啡”的人，結果，大量的咖啡不但不能使人心情愉快，反而會干擾睡眠、使人焦慮不安，這是由于咖啡因對神經系統過度刺激的關系。如果連續每天喝上五六杯咖啡，人體還會逐漸出現發抖、焦躁不安等情形，有些人甚至會出現恐慌癥。
- 對心、血管的影響
長期喝咖啡也會增加罹患心臟病、高血壓的概率。據研究報告顯示，咖啡因的作用在喝下咖啡后半小時至一小時內達到最高點，收縮壓大概會提高10毫米汞柱；至于心跳，在一小時內會減少，之后則會增加。另外一項研究指出，每天喝4杯以下咖啡的男性，罹患心臟病的概率比正常人高出30%,女性則增加60%;如果每天喝10杯以上，罹患心臟病的概率竟然會增加3倍！
值得注意的是，很多人喜歡在面臨壓力時來一兩杯咖啡舒緩心情，前面也提過咖啡確實能溫和對抗憂郁癥；但如果本身就有高血壓遺傳因子（即家族成員有高血壓患者），或已有輕微高血壓，體內的腎上腺皮質素就會對咖啡因產生強烈反應，很容易引起血壓上升。如此長期刺激下來，即使沒有高血壓的人也可能會罹患高血壓，而已有高血壓的人也可能會加速惡化。
- 對腸胃和膽的影響
不論有沒有咖啡因，咖啡都會對腸胃和膽有不良效應。研究顯示，只要3杯以上的咖啡，就足以刺激胃酸分泌，使胃酸過多的患者感到不舒服，或加重潰瘍患者的病情。對于某些腸胃很敏感的人，來一杯咖啡也會刺激他們的腸道收縮，產生腹瀉現象;加上咖啡因還有利尿作用，能加速水分排出體外，所以腹瀉情形會更加嚴重。此外，咖啡還會讓上部小腸黏膜分泌岀某一種激素，刺激11囊收縮，所以有膽結石傾向的人,任｛可一種咖啡都不能碰。
- 對胰臟的影響
咖啡因會引起血糖上升，倘若一次喝許多咖啡，就會降低葡萄糖的耐受量并降低胰島素的分泌。據研究，每天喝兩杯咖啡的人罹患胰臟癌的概率，比正常人增加了1.8倍；如果每天喝3杯咖啡，罹患概率就會增加為3倍。
- 對女性整體的影響
咖啡對女性來說絕對不是一種好飲料，理由如下。
（1）每天喝一杯咖啡的女性，比較容易出現經前綜合征，而且喝得越多癥狀越嚴重，因此有痛經的女性最好避免。
（2）許多調查指出咖啡因和乳房纖維瘤有關，雖然目前還不知兩者間有什么關聯，但許多婦女確實發現，當她們減少攝取含咖啡因的食物和飲料之后，乳房的疼痛就解除了。
（3）咖啡會降低人體對鐵質的吸收率，容易引起貧血。只要在飯后一小時內，喝一杯即溶咖啡，就會使鐵質吸收率下降83%。
（4）咖啡不但會降低鐵質的吸收率，還會引起鈣質流失而導致骨質疏松癥。只要每天喝兩杯以上的咖啡，骨折概率就會增加50%,這對于逐漸邁入更年期的中年婦女來說是很大的警告。
（5）美國臺灣健康學院初步研究顯示，咖啡因會使某些婦女不孕。雖然這項研究結果仍未十分確定，但想生兒育女的人還是少喝為妙。
（6）即使懷了孕，咖啡因也會通過月臺盤進入胎兒體內，造成不良影響。美國加州曾有一項大規模的研究，針對近萬名孕婦調查新生兒體重偏低的現象，結果發現，每天喝3杯以上咖啡的孕婦，生出的嬰兒體重偏低。此外，也有研究顯示，咖啡因可能會誘發早產、胎兒產生缺陷，或導致胎兒發育遲緩。不過，對此醫生往往不會特別要求孕婦禁喝咖啡，只會要求限量。一般婦產科多會建議每天不要攝取超過300毫克的咖啡因，以即溶咖啡為例，最好別超過3杯；如果是蒸tg式咖啡，超過兩杯就千萬別再喝了。