聯合國在最新公布的《世界水資源開發報告》中認為，導致目前全球水資源危機，同一流域各地的降水形成涓涓流水，再經溪澗支流匯入主流組成一個完整的不可分割的水系。我國現行的水資源管理模式是“垂直分級負責，橫向多頭管理”。這種人為把同一水系按行政區“肢解”為多片的分片管理模式很不科學，存在重大缺陷。水資源管理平臺的不同片區各管各的,即使是同一片區調水、用水、水保護、水污染處理等水務工作歸不同部門管理，職責難分，互相推諉。
因此，根據國際經驗，同一個水系應建立一個跨地區、跨部門的流域管理機構,統一的規劃、調度、管理、保護水務工作，并聯合流域上下游省、市、自治區，組織環保、水禾U、城建、林業、農業等部門開展聯合監測和執法。
我國水資源管理還受到地方保護主義的干擾。一些地方為謀求地方經濟發展速度,追求政績，不顧環境大搞污染企業，甚至包庇企業排污，干擾執法。
我國水資源管理還受到有法不依、執法不嚴的影響。對違法排污企業處理太輕,導致其違法成本低，因而屢犯，排污得不到有效扼制，同時，也存在對管理部門失職領導姑息遷就、處分過輕的現象。