1、參與農民持證到鄉鎮衛生院或村衛生院看病時，由衛生院醫生或村衛生院鄉鎮醫生進行合理檢查、診斷、門診掛號、開具處方并注明合作醫療證號碼（一式兩份，買藥一張，報銷一張），到藥店標價（注明藥品價格）。 （超出家庭賬戶總額的部分由患者自行支付），最后服藥治療。 衛生院、村衛生室月底填寫定點醫療機構門診賠付匯總表和結算單后，按照賠付登記表號碼順序將報銷聯名處方裝訂成冊，向鄉鎮農業醫療機構申請報銷預支資金。
2、參與農民持證到鄉鎮外定點醫療機構門診就診時，定點醫院機構醫生進行合理檢查診斷，掛號門診，開具處方并注明合作醫療證號碼（一式兩份，藥品一份，報銷一份），到藥店標價（注明藥品價格）。
3、參賽農民持證到鄉衛生院住院治療時，醫生會核實人員情況，進行合理檢查診斷，有入院指征者入院。 醫生及時寫出完整的病歷，掛號住院，開處方并注明合作醫療證明號碼（一式兩份，藥品一份，報銷一份），到藥店定價。 患者出院后，衛生院提供醫療發票、出院小結（加蓋醫院印章）、各種檢查單、處方復印件等，患者向鄉鎮農醫申請報銷。
4、參合農民持證前往區級定點醫院住院治療時，區級定點醫院醫生應認真核對合作醫療證明，確保人員證件一致，然后進行合理核實。 確診后，對入院者進行收治，并及時書寫完整的病歷。 掛號住院，開具處方并注明合作醫療證明號碼（一式兩份，買藥一份，報銷一份），到藥店標價（標明藥品價格），患者支付現金，然后取藥就診。 患者出院后，醫院向患者提供醫療發票、出院小結、各種檢查單復印件、處方復印件等，患者直接到合作醫療直報窗口申請報銷。
5、參賽農戶因病需轉區外醫療機構住院的，應堅持分級轉診的原則。 區醫療機構出具轉診證明，區農業醫療中心批準并開具就診通知書（緊急情況可先轉診，但應在7天內報告當地鄉鎮農業醫院）。 因探親、探訪、外出工作等原因住院的，應在入院后7日內到戶籍所在地鄉鎮衛生院報告。 農醫中心應當及時答復，及時向區農醫中心登記、報告。 出院后，須攜帶自己的住院收據和相關住院材料，按規定到鄉農醫中心辦理賠償。
如何為參與的農民報銷發票
參保農民在報銷發票時應攜帶以下材料：戶口簿或身份證、合作醫療證明、醫療費用發票、出院小結、費用清單或處方復印件，在醫院分娩的須攜帶出生證明原件和出生證明，患有慢性病的須攜帶慢性病專用病歷。
