當古人提到靈芝時，他心中浮現的很可能是“一朵”靈芝。而這一整個菇體，包括“菌蓋”和“菌柄”兩部分，便是現今學界所稱的“子實體”。有別于一般食用菇質地松軟、柔嫰綿彈，靈芝子實體的組織就像皮革一樣堅靭，不用說難以用嘴巴咬一口，連用刀子切，都得費上好一番力氣。
好不容易把靈芝菌蓋切開，可以看到里面有3層不同顏色的結構，包括：最上面那層會發亮的“菌蓋皮殼”，夾在中間的“皮層”（也稱“菌肉層”），以及位于最底部的“菌管層”。
▲ 靈芝子實體的構造。（攝影／許瑞祥）
雖然菌蓋皮殼只有薄薄一層，但由于組織緊密，最外面還有一層水溶性的蠟，讓靈芝在眾菇中獨樹一幟，彷如一把閃亮亮的小雨傘，而非吸水易濕的陽傘。
位處菌蓋皮殼之下的皮層，主要作用也在保護，能擋掉很多微生物和昆蟲的侵擾，畢竟它底下那一排排的菌管，可是靈芝孕育孢子之所在。
細微如花粉的孢子，不僅肩負傳宗接代的任務，也決定一朵靈芝的基本樣貌，更是科學上判定一朵菇是不是靈芝的重要依據。當孢子全都展翅高飛，人去樓空的靈芝也走入遲暮之年，不再十八般武藝樣樣俱全。
▲把子實體翻過來（如左圖），可以看到底部很平坦，上面有許多細孔。當靈芝成熟時，孢子（如右圖）就會從這里彈射出來。
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