中流擊楫的祖逖
司馬睿尚未繼承皇位時，祖逖渡江到建康勸說司馬睿收復北方失地。司馬睿勉強答應了他的請求，派他做豫州（在今河南東部和安徽北部）刺史，還撥給他手下一千個人吃的糧食和三千匹布，然而對于人馬和武器問題，卻叫他自己想辦法解決。
祖逖橫渡長江，一面招兵買馬，一面制造兵器，最終聚集了兩千多人馬，然后便開始向北方進發了。祖逖的軍隊得到了很多人的支持，因此他們迅速收復了很多失地。當時，長江以北還有不少豪強地主，他們趁著中原大亂的機會，私自占據堡塢，彼此之間為了爭奪土地而相互殘殺。祖逖到了這里之后，便說服這些人停止內斗，跟隨他一起北伐。而對于那些不聽號令、服從敵人的人，祖逖會給予堅決的打擊。就這樣，祖逖的威望越來越高了。
公元319年，陳留的豪強地主陳川投降后趙國主石勒。聽到這個消息后，祖逖便決定進攻陳川。期間石勒派兵5萬援救，然而被祖逖打敗。祖逖領導晉兵進行了艱苦的斗爭，他收復了黃河以南的全部領土，后來，后趙的士兵也開始陸續向祖逖投降。晉元帝即位后，因祖逖功勞大，封他為鎮西將軍。
祖逖一心想收復中原，所以想繼續北伐，收復黃河以北的國土。然而晉元帝對祖逖起了疑心，于是就派戴淵當征西將軍，統管北方六州的軍事，還讓祖逖聽任他的指揮。祖逖辛辛苦苦收復失地，然而卻時時受到朝廷的牽制，因此心里很不舒坦。后來，祖逖又聽說自己的好友劉琨在幽州被王敦害死了，且如今朝廷內部爭權奪利，晉元帝與王敦經常明爭暗斗，想到這些，祖逖的心里既憂慮，又氣憤，最終得病而死。
“王敦之亂”顛覆東晉
“王敦之亂”爆發于公元322年，結束于公元324年。出身于瑯瑯王氏的權臣王敦以誅劉隗為名進攻建康，發動了一場叛亂。在這場叛亂中，王敦擊敗了東晉朝廷的軍隊，隨后自封為丞相，誅殺周魏等人，并在武昌遙控朝廷。
后來晉元帝去世，晉明帝繼位，身患重病的王敦還想要奪取政權,但明帝事先有所防備，先發制人討伐王敦。王敦和兄長王含以及部下將領錢鳳等人領軍與朝廷軍隊作戰，但最終失敗。王敦亦在戰爭期間病逝。
“王敦之亂”期間，東晉統治者還在內斗，沒有精力去應付北方的侵擾，導致后趙在“王敦之亂”期間奪取了東晉兗州、徐州和豫州的大片土地。后來，晉朝將領蘇峻憑借著平定“王敦之亂”有功而獲封賞，此后威望漸長，軍事力量也逐步增強。但與此同時，蘇峻早有異心，“王敦之亂”后，東晉又迎來了“蘇峻之亂”。