第一份帝王“罪己詔”
漢武帝劉徹晚年，建明堂，壘高壇，樹“泰一”尊神，大搞頂禮膜拜，所耗甚巨。漢武帝十分迷信鬼神，命令大批人入海求蓬萊真神，為了通神求仙，還聽信方士之言，造了一尊30丈高的銅柱仙人掌，用以搜集甘露和玉屑飲之，想要求得長生不老。漢武帝晚年，他任用江充最終釀成“巫蠱之禍”，失去了至親太子劉據和衛皇后，還誅連了數萬人。
在經濟上，因為漢武帝連年對外用兵和肆意揮霍，導致國庫空虛，他便任用桑弘羊執掌全國財政，將鹽鐵實行壟斷專賣，還公允大臣們賣官鬻爵。如果有人作奸犯科，還可以以錢贖罪，使得吏治腐敗。貧苦農民不堪忍受官府和豪強的雙重壓榨，于漢武帝統治的中后期接連爆發起義，并且愈演愈烈。
公元前90年（征和三年），在將軍李廣利出兵五原（今內蒙古自治區五原縣）討伐匈奴前，丞相劉屈耗與李廣利合謀立昌邑王劉瓣為太子。漢武帝知道此事后大怒，他腰斬劉屈牝，將李廣利的妻子下獄。在外征戰的李廣利得到消息后恐遭禍，便想在對戰匈奴中得勝，以取得漢武帝的寬恕。然而之后李廣利兵敗，只能投降匈奴。
這一連串的變故打擊使漢武帝心灰意冷，他開始反思自己的所作所為。公元前89年（征和四年），桑弘羊等人上書漢武帝，建議在輪臺（今新疆維吾爾自治區輪臺縣）戍兵以防備匈奴。漢武帝駁回桑弘羊等人的建議，并下詔反思自己，稱“當今務在禁苛暴，止擅賦，力本農。修馬政復令以補缺，毋乏武備而已”，史稱《輪臺罪己詔》。
武帝時的“巫蠱之亂”
“巫蠱之亂”發生于西漢漢武帝時期，是非常重大的歷史事件，此案引起了漢武帝晚期政治的重大轉變。但是此案一直撲朔迷離，眾說紛紜，成為漢武帝一生歷史中的一個謎。宋洪邁《容齋續筆》即云：“漢世巫蠱之禍，雖起于江充，然事會之來，蓋有不可曉者。”
公元前91年，公孫賀的兒子公孫敬被舉報說以巫蠱之術詛咒皇上。公孫賀為了替兒子贖罪，向漢武帝承諾捉拿陽陵大盜朱安世。朱安世被捉后為報復公孫賀，便給漢武帝寫了一封揭發公孫賀的信。他在信中說踏公孫賀在皇上經常進入的甘泉宮埋下了木偶，巫蠱皇上。漢武帝本來就相信巫蠱之術，且又生性多疑，于是立即命江充查處。江充趁機將公孫賀的人馬一網打盡，最后連皇后的姐姐衛君儒也受到牽連。
此次巫蠱案之后，漢武帝更加疑神疑鬼，江充利用漢武帝的迷信猜忌之心將剪除異己的矛頭指向了其他掌握重權的皇親國戚。隨后有諸邑公主、陽石公主和衛伉（衛青之子）被殺。
然而這一切還未結束。一天漢武帝做了個噩夢，夢見有幾千個木偶人拿著兵器向他襲來。醒來后，他覺得渾身酸軟，毫無力氣，身體一天不如一天。于是他又命令江充査實巫蠱案。江充便進入后宮，對每個宮都掘地三尺，搜査木偶，甚至連漢武帝御座下的地面也被挖了。太子劉據和皇后衛子夫很生氣，對江充充滿怨言。江充則上奏漢武帝，說太子東宮和皇后中宮里的木偶最多，并且每個木偶上都寫了咒語來詛咒皇上。
漢武帝聽后十分震怒，本想仔細詢問太子，但太子因急火攻心，萬般無奈之下采用了少傅石德的計策，派人佯稱天子使者，收捕江充，一舉把江充及其同伙殺死。然后太子又告訴皇后情況危急，調用皇后的車馬、騎士大肆搜捕江充黨羽。不過他最后戰敗，帶著殘兵敗將逃出京城長安。丞相劉屈耗率軍占領京師后，把這次叛亂的主謀全部緝拿，跟太子有關的人都被殺害。皇后衛子夫得知這一情況后自殺，后太子也被迫自縊而死。
一年后，漢武帝查明真相，誅滅江充家族，然后建筑了“思子宮”，并在太子蒙難處筑“歸來望思臺”。