康熙帝與三藩的戰爭
明末清初，南方在三個藩王的統治之下：尚可喜為平南王，駐守廣東；耿仲明為靖南王，駐守廣西；吳三桂為平西王，駐守云南這三個人的勢力非常強大，尤以吳三桂為首。
康熙十二年（公元1673年）三月，尚可喜請求歸老東，但是他要求其子尚之信繼續鎮守廣東，朝廷中便開始了是否要撤藩的激烈爭論。最后，康熙認為“藩鎮久握重兵，勢成尾大，非國家利”，決定下令撤藩。
十一月，吳三桂在云南發動叛亂，并在次年開始率兵進攻湖南，攻陷常德、氏沙、岳州、澧州、衡州等地。他還散發檄文，煽動反清。廣四將軍孫延齡、四川巡撫羅森等許多地方官員也紛紛叛清。緊接著福建的耿精忠也叛清。短短幾個月的時間內，云南、貴州、湖南、廣西、福建、四川六省陷落。然后陜四提督王輔臣、廣東的尚之信等人也接連叛清，叛亂延伸到廣東、江西、陜四以及甘肅等省。
三藩一反，整個南方都被叛軍占領，然而康熙帝并沒有被他們嚇倒，他一面調兵遣將，集中兵力討伐吳三桂；一面停止撤銷尚之信、耿精忠的藩王稱號，讓他們不要隨之造反。這時候，尚之信和耿精忠發現形勢于吳三桂不利，于是便投降朝廷了。
雖然吳三桂在開始的時候打了一些勝仗，然而后來的清兵越來越多，也越打越猛，而吳三桂的力量卻逐漸削弱。8年之后，吳三桂知道支撐不下去了，連悔帶恨地生了一場大病，最后郁郁而終。公元1681年，清軍分三路攻進云南昆明，吳三桂的孫子吳世瑞自殺。至此，清軍平定了叛亂勢力，統一了南方。
臺灣和大陸的統一
鄭成功去世后，臺灣由其子鄭經駐守。清朝十幾年內曾經多次遣使和鄭經談判，然而鄭經都未應允。康熙認為和談不能解決問題，便決定用武力收復臺灣。
公元1681年，康熙在平定了三藩后，見臺灣內部因為鄭經病逝而發生內亂，于是決定收復臺灣。當時鄭經的部將馮錫范殺死了鄭氏的繼承人，改立鄭經12歲的次子鄭克壊為延平王。
公元1681年7月，康熙下詔“以施瑯為福建水師提督，與將軍總督等統舟師進取澎湖、臺灣”。三年后，清軍占領了澎湖。鄭克壊投降，清軍進駐臺灣。收復了臺灣之后，清政府在臺灣設一府三縣，還在臺灣設一員巡道、一員總兵、兩員副將、八千兵力。澎湖也設有一員副將、兩千兵力。此時的臺灣正式與大陸成為一家。