各級各類醫療衛生機構發現符合疑似病例、臨床診斷病例（僅限湖北省）、確診病例、無癥狀感染者時，應當于2小時內進行網絡直報。傳染病報告卡中病例現住址應當填寫病例發病時的居住地，細化至村、組及社區、門牌號等可隨訪到病例的詳細信息。
疾控機構在接到報告后應當立即調查核實，于2小時內通過網絡直報系統完成報告信息的三級確認審核。不具備網絡直報條件的醫療機構，應當立即向當地縣（區）級疾控機構報告，并于2小時內將填寫完成的傳染病報告卡寄出。
縣（區）級疾控機構在接到報告后，應當立即進行網絡直報，并做好后續信息的訂正。
負責上報的人員在網絡直報病種中選擇“新型冠狀病毒肺炎”，并在“病例分類”中分別選擇“疑似病例”、“臨床診斷病例”（僅限湖北省）、“確診病例”、“陽性檢測”進行報告。
對于疑似病例、臨床診斷病例（僅限湖北省）和確診病例的“臨床嚴重程度”的分類，應根據《新型冠狀病毒感染的肺炎診療方案（試行第五版）》在網絡直報系統的分類中選擇“輕型”、“普通型”、“重型”或“危重型”進行報告。陽性檢測特指無癥狀感染者,在“臨床嚴重程度”中對應“無癥狀感染者”。
負責上報的人員應根據實驗室檢測結果，將上報的“疑似病例”、“臨床診斷病例”(僅限湖北省)及時訂正為“確診病例”或及時排除。
如發現上報的“無癥狀感染者”出現臨床表現，應及時將之訂正為“確診病例”。要根據疾病進展程度，在“臨床嚴重程度”中及時對所有病例的情況進行訂正，以病例最嚴重的狀態為其最終狀態。