研究表明，蝙蝠是多種冠狀病毒的貯存宿主和初始傳染源。還有一些動物為冠狀病毒的中間宿主和傳染源。
中華菊頭蝠是SARS病毒的貯存宿主和初始傳染源，果子貍和蛇為其中間宿主和傳染源；埃及墓蝠、加納的夜凹蝙蝠和歐洲的伏翼蝙蝠等是MERS病毒的貯存宿主和初始傳染源。
單峰駱駝為其中間宿主和傳染源；新型冠狀病毒的貯存宿主和中間宿主還未確定，但越來越多的科學證據提示，該病毒起源于蝙蝠，中間宿主可能是蛇、豺和穿山甲等動物。
在貯存宿主和中間宿主偶然將冠狀病毒傳播給人類后，冠狀病毒感染的人群成了傳染源，武漢華南海鮮批發市場為新型冠狀病毒肺炎的最早疫源地。在冠狀病毒感染的疫情流行期間，患者是主要傳染源。
SARS研究顯示，患者是SARS病毒最主要傳染源。有極少數患者在剛出現癥狀時即具有傳染性。在一般情況下傳染性隨病程發展而逐漸增強。患者在發病的第2周最具傳播力。
通常癥狀明顯的患者傳染性較強，特別是持續高熱、頻繁咳嗽、出現急性呼吸窘迫綜合征的患者。患者退熱后傳染性迅速下降。醫學界尚未發現潛伏期患者以及治愈出院者傳染他人的證據。
新型冠狀病毒傳染源目前所見主要是新型冠狀病毒感染的患者。無癥狀感染者也可能成為傳染源。其輕癥患者比例較高，作為傳染源的傳播風險更大。