肛瘺的治療要想根治，必須做手術。淺層單純性肛痿在門診就能治愈。
門診療法
所說的門診療法是指先把橡皮筋或細繩穿過肛痿的痿管收緊結扎的方法。結扎的部位發生壞死，痿管就會形成開口。形成開口后，把化膿污染的部位清除干凈，1周左右患部會長岀新的肉芽慢慢痊愈。還可以在痿管的開口處敷上碑等腐蝕劑凝固創口。腐蝕期間有疼痛。
可以門診治療，這對患者是很有吸引力的。但是,這種療法不能用于復雜性肛痿，也有復發的情況。需要住院治療時,要聽從醫生的指導。
痿管摘除法和切開術
為了預防復發和不發生后遺癥，肛痿的治療需要住院2~3周，做根治手術。
痿管摘除法是把膿道全部干凈地切除的方法。由于肛管周圍有括約肌，手術時有時會碰傷，所以，這種手術只用于淺層肛痿。
肛痿手術最常用的方法是肛管切開術。把膿管由入口到出口全部切開，徹底清除其中的污物。和其他肛門手術一樣，傷口開放不縫合。
做肛痿手術最重要的是把引起肛痿的細菌入口處即肛隱窩處理干凈。否則，好不容易做了手術，又會由于細菌的感染而復發。
另一個重要方面是手術時不要碰傷括約肌。因為肛痿有很多是由括約肌中穿過的，不注意碰傷了括約肌，會導致肛門收縮力喪失。過去，肛痿手術后常留有這種后遺癥。
最近正在實施“保護括約肌式手術”。其目的在于提醒醫生盡量不要碰傷括約肌。復雜性肛痿，有時必須切除一部分括約肌。因為肛門括約肌并不只是一根，如果手術操作慎重，就不用全部切除。
痔瘡手術需要如此專業性的技術，所以，請經驗豐富的專科醫生治療可以免去擔心。