與傳統無機肥相比，生物有機肥料的優點是：
一是生物魚肥的氮、磷含量高，水溶性好，添加了水生生物必需的鐵、鋅、鎂、銅、鉆、鋁、硒等系列微量元素，從而提高肥效并能激活有益藻、益生菌的生物酶活性，加強其同化作用，加快其繁殖和生長速度，保證水產動物有豐富的天然餌料。
二是生物魚肥富含生物有機酸如腐殖酸、胡敏酸、烏敏酸等，既具有傳統有機肥肥效持久的優點，又能提高水生植物的生理活性，而且不產生有機渣質，對水體和底質沒有污染，因此投入泥鰍池塘后就顯得非常干凈衛生。
三是生物魚肥里添加的生物活性物質，能促進泥鰍消化藻類，抑制有害藻、有害菌的繁殖和生長，同時具有增加溶解氧的作用，還能降低氨氮、亞硝酸鹽、硫化氫等有害物質的含量，對于凈化水質、改善底質、保持水環境的生態平衡具有重要作用。另外這種生物活性物質還能有效地預防鰍池發生浮頭泛池的現象，可以提高泥鰍的活力。
四是用量少而準確、見效快而持久、肥效比高。既能促進泥鰍的生長、發育，又減少病害，有效提高施肥的直接效益和綜合效益。
為了方便說明，這里列簡表對生物魚肥與各類肥料進行比較（表2）,這種比較只是一種參考，養殖戶在具體的養殖過程中還是要根據當地的肥料來源、使用習慣、養殖成本等綜合考慮。