一般情況下認為，過敏性腸炎是一種功能性疾病，所以，應以生活、飲食調理為主，配合對癥藥物治療。
慢性過敏性腸炎如何預防（1）生活調理：培養良好的飲食習慣和生活方式，飲食要規律，忌食辛辣刺激性食物，盡量少飲酒、咖啡、冷飲等，不吃可引起腹瀉的食物（如有人對牛奶、豆類食物過敏，進食后腹瀉）。所進食物既不能過涼，也不要過熱。
（2）體育鍛煉：散步、練氣功、打太極拳等有助于增強體質，促進腸神經功能的恢復。
（3）心理治療：消除長期患病引起的精神緊張和恐懼心理，從心里認識到本病不是惡性疾病，是可治、可防的。
（4）藥物治療：主要目的是消除或減輕腹痛、腹瀉、便秘等癥狀。以對癥治療為主，調整腸道菌群為輔。伴有其他過敏癥狀的，配合抗過敏藥。
（5）早期預防：對于家族中有類似疾病史的人，應早期預防。
（6）定期檢查：對有結腸腺瘤性息肉者，須及早切除病灶，避免癌變可能；若出現慢性結腸潰瘍，發生結腸炎的，應積極治療，控制炎癥。