孔子學院歸哪個部門管？這也要分國內和國外。但在說"國內”和“國外”之前，我必須先把孔子學院的合作模式交代一下，否則會云山霧罩一頭霧水。簡而言之，全球的孔子學院（包括孔子課堂）都由北京的孔子學院總部/國家漢辦來統籌管理。海外或者國內哪個高校想要辦一所孔子學院,那么好，你提出申請，找到你的海外合作伙伴。
也就是說，如果是海外的高校提出申辦申請，那要找一所國內的高校；如果是國內的高校提出申辦申請，那么要找一所海外的高校，海外和國內要對應起來。一般來說，是——對應，即一所海外高校對應一所國內高校，反之亦然。我們華南理工大學合作共建的英國蘭卡斯特大學孔子學院和美國愛達荷大學孔子學院就是——對應的。但也有例外，一對多的、多對一的，都有。我們華南理工大學的德國奧迪英戈爾施塔特孔子學院就是一對多，華南理工大學對應德國奧迪集團、英戈爾施塔特市政府、
英戈爾施塔特工業技術大學。找到合作伙伴，闡明你申辦孔子學院的目的、方案、經費、場地、人員等事項,孔子學院總部審核批準通過，就oKTo
回到剛才的問題，在國內，孔子學院的管理單位當然就是孔子學院總部/國家漢辦了。孔子學院總部算是教育部下設的一個事業單位，設有總部理事會，理事會主席是劉延東副總理，具體負責的是孔子學院總部總干事、國家漢辦主任，下面還有若干副總干事、副主任、常設機構等，大家可以自己瀏覽http://www.hanban.edu.cn/,找"關于我們"。
所有孔子學院都設在國外，掛靠所在大學，所以,孔子學院的日常管理實際歸于所在大學，具體由中方院長和外方院長負責。書接前面，因為孔子學院都是中外高校合辦的，其人員構成也是中外合作，因此就有中方院長和外方院長。一般來說，外方院長負責外方那邊的事務，比如與所在大學、當地政府、當地組織、新聞媒體、當地中小學和社區等的溝通聯絡，市場開發，招生宣傳，管理外方工作人員如經理、本土漢語教師、本土志愿者等。
中方院長負責中方的事務，比如和孔子學院總部、中方合作院校及所在省市教育主管部門如教育廳、中國駐當地使領館、中國學聯等的溝通聯絡，項目設計，課程設置，漢語教學管理，文化活動組織，管理中方工作人員如漢語教師、漢語教師志愿者等。中外方院長之上，是孔子學院理事會，由中外合作機構各出數量對等的人員組成，負責孔子學院的發展規劃、人事變動及其他重大事項的討論決策，一般一年最少開一次理事會。