由于外科技術已很成熟，腎移植外科并發癥正在減少，故內科并發癥已成為主要問題。腎移植的三大并發癥：常見的有感染、藥物肝、腎和骨髓毒性、心血管并發癥、代謝并發癥（如糖尿病、高血脂、高尿酸血癥等）、胃腸和眼并發癥、精神心理障礙和復發性腎炎等。
排異和感染是腎移植的兩大問題，也是腎移植成敗的關鍵。目前，對排異的認識和抗排異技術均有明顯進步，故排異發生率有所下降，然而感染發生率卻仍居高不下。腎移植后感染屬免疫抑制狀態下感染，與常人發生的感染不盡相同，通常有以下特點：①耐藥菌多見，常需用新型抗生素；②混合感染的嚴重彌漫性肺部炎癥仍是患者主要死因；③平時較少發現的感染，如非念珠菌性真菌感染、屎腸球菌感染、卡氏肺葩子蟲病和多瘤病毒感染等增多；④受免疫抑制劑影響，感染的全身癥狀和局部體征可與感染的嚴重性不甚吻合；⑤預防治療和充分治療對腎移植效果的影響日受關注；⑥感染與排異和抗排異治療密切相關，易發生于大劑量免疫抑制劑沖擊后1周左右，好發于術后6個月內，尤其高發于術后2~3個月。