雖然抗結核藥治療在目前可以使大部分腎結核患者得以控制治愈，但是仍有一部分患者藥物治療不能奏效，而仍需進行手術治療。手術包括全腎切除、部分腎切除、腎病灶清除等幾種方式，須視病變的范圍、破壞程度和藥物治療的效應而選定。腎結核手術治療原則：
1?全腎切除術
全腎切除術適應證有以下5種情況:①單側腎結核病灶破壞范圍較大，在50%以上；②全腎結核性破壞腎功能已喪失；③結核性膿腎；④雙側腎結核，一側破壞嚴重，而另一側為極輕度結核，須將嚴重側切除，輕度病變側采用藥物治療;⑤自截鈣化灰泥腎。
由于腎結核是全身結核病的一部分，是繼發性結核，更是泌尿系結核中的一部分,當腎切除術期間，可因手術的損傷使機體的抵抗力降低，致使腎結核以外的結核病灶造成活動或播散，因此，在腎切除術前、后必須應用抗結核藥予以控制。抗結核藥在手術前準備所選用的品種和藥用劑量，同一般抗結核治療相同。但在使用方法和使用時間上有所不同，如異煙腓100毫克，每日3次口服，鏈霉素0.5克，每日2次肌內注射，禾U福平300毫克，每日2次口服，應用方法為每日應用，扌寺續2周，而后再手術。當病腎切除后，僅為將泌尿系的原發病灶切除，術后仍有殘留的結核病變存在，這些殘留的輸尿管結核和膀胱結核或全身其他器官結核，仍需要參照抗結核藥的選擇和長程或短程治療方案按期應用，直至泌尿系結核徹底控制而停藥。
- 部分腎切除術
部分腎切除術適應證有以下三種情況:①為局限在腎一極的1?2個小腎盞的破壞性病變，經長期的抗結核藥物治療而未能奏效;②1~2個小腎盞結核漏斗部有狹窄引流不暢者■；③雙側腎結核破壞均輕而長期藥物治療無效。如果唯一的有功能腎臟須做部分腎切除手術時，則至少應保留78%左右的腎組織，以免術后引起腎功能不全。
由于抗結核藥治療往往能收到良好效果，因此部分腎切除術較少進行，對于適合此項手術的患者應在較長時間的抗結核藥準備后才能施行。一般術前準備用藥需3?6
個月。術前尚需再次造影檢查，確定病變情況后再決定手術。手術后因余留有部分腎臟和泌尿系器官的結核，故仍須繼續使用抗結核藥至少1年，以鞏固療效。
- 腎病灶清除術
腎病灶清除術的適應證為腎臟的實質中存在密閉的腎盞所形成的結核性空洞，常充滿干酪樣物質。抗結核藥不能進入空洞，而空洞中仍有活動結核桿菌存在。因此，須切開空洞，清除干酪樣結核組織，腔內再用抗結核藥。手術前后亦需較長時期的抗結核藥應用，以術后鞏固治療和防結核播散。